La calidad del café depende de numerosos factores. La calidad depende de la especie vegetal que se utilice (Robusta o Arábica) de la variedad de café sembrada (ver historia del café). Además de los factores genéticos, depende obviamente del árbol y el entorno en que crece. Adicionalmente, la forma como se siembra el café y el adecuado manejo agronómico del cultivo, también influenciará la calidad.

En esta sección destacamos la importancia que tiene en la calidad del producto la forma como se cosecha y procesa el café. Esta es una de las labores más dispendiosas, arduas y delicadas de la cadena del café, y está a cargo de los productores de decenas de países alrededor del mundo. Del éxito de los procesos de cosecha y post cosecha dependerá, en buena parte, si la bebida final va a alcanzar la calidad deseada.

Los periodos de cosecha están asociados con la estacionalidad de las floraciones y de las particularidades del cultivo. En el caso de la especie de Café Arábica, por ejemplo, la cosecha ocurre entre 210 y 224 días después de las floraciones. Las floraciones son inducidas cuando la planta sufre un stress hídrico seguido de lluvias. Es así como países con estaciones de lluvias marcadas durante el año tienden a tener floraciones concentradas y, consecuentemente, cosechas concentradas en un periodo relativamente corto, de alrededor de tres meses, en el año. La concentración en los periodos de cosecha favorece prácticas de recolección con el uso de maquinaria más o menos sofisticada, que, en cualquier caso, implica la recolección de frutos en óptimo estado de madurez, con frutos que pueden estar sobremaduros o ligeramente inmaduros. Las prácticas de post cosecha serán fundamentales para separarlos y evitar que los frutos en diversos estados de madurez generen características indeseables en la taza de café.

El caso de Colombia es muy particular puesto que su régimen de lluvias incluye, en ciertas regiones,  diferentes ciclos de precipitación que generan a su vez floraciones relativamente continuas a lo largo del país. Es así como en ciertas regiones colombianas se generan floraciones, y consecuentemente frutos maduros, en 50 semanas de las 52 que tiene el año. La irregularidad en los periodos de cosecha, sumada a las grandes alturas y pendientes donde se siembra café en los Andes colombianos, dificulta la mecanización en los procesos de cosecha y favorece la selectividad en los procesos de recolección.

Los cafeteros colombianos son conscientes de que una recolección no selectiva merma sus ingresos de mediano y largo plazo. En una misma rama de arbustos de café pueden encontrarse bulbos que se convertirán en flores, flores formadas, y frutos en diferente estado de maduración. El productor colombiano sabe que, de no ser selectivo en sus procesos de cosecha, sacrificará las flores que constituyen su ingreso futuro, o reducirá también sus ingresos por tomar frutos inmaduros que se constituirán en un obstáculo para pasar las pruebas de calidad que le exige el sistema. De esta manera, en Colombia la recolección de café tiene una muy alta proporción de frutos maduros al ser selectiva, y primordialmente manual.

La recolección de frutos maduros en Colombia es también una de las principales ventajas para obtener una calidad superior, pues se evita la mezcla de frutos en diferente estado de maduración.

La bebida de café preparada con granos provenientes de frutos con diferentes estados de desarrollo, presenta los siguientes defectos:

La presencia de un 2.5% o más de fruto verde en el café recolectado ybeneficiado, afecta la calidad de la bebida. El fruto verde no despulpa completamente, y al secarse y trillarse se puede obtener grano inmaduro y negro que afecta la calidad física y organoléptica del café.

La recolección de las cerezas maduras no es el único proceso que determina la calidad. Para obtener un café de calidad superior, los procesos de post cosecha son fundamentales.